С начала специальной военной операции пожертвования Ельцин-центру сократились в 14 раз. Если ранее частные доноры ежегодно вносили около 1,4 млрд рублей, то сейчас их вклад сравнялся с собственными доходами учреждения. В результате центр на три четверти финансируется из государственного бюджета. В 2025 году организация отменила десять мероприятий, вызвавших общественное возмущение. Сотрудники сообщают о высоком уровне выгорания и массовых увольнениях из-за отсутствия отдачи от работы. Представительница центра Людмила Телень не ответила на запросы СМИ о текущем финансовом состоянии и кадровых проблемах.